Fanø har 9 museer, fra kunstmuseum over egns museer til små special museer. Dertil det gode skib everten Rebecca.

Fanø Kunstmuseum, Fanø Skibs-farts og Dragtsamling, Fanø Museum, Sønderho Mølle, Hannes Hus, Sønderho Redningsstation, Fanø Flisesamling og Sprøjtehuset

Fanø Kunstmuseum i Sønderho har specialiseret i de såkaldte Fanø malere. I lighed med Skagen har Fanø og specielt Sønderho tiltrukket mange kunstnere, blandt andet Julius Exner, Reinhard Heinemann og Ortwin Nøbbe. I 1992 lykkedes det at oprette Fanø Kunstmuseum i Kromanns Hus. Huset var førhen købmandsgård og fabrik. Det indeholder en købmandsbutik fra 1868, der nu er restaureret og fungerer som indgang til museet.
Udover den faste udstilling afholder museet en række særudstilinger i sommerhalvåret for kunstnere med tilknytning til Fanø.

Fanø Skibsfarts og Dragtsamling i Nordby fortæller om Fanøs storhedstid i det 19. århundrede, hvor Fanø havde den største sejlskibsflåde uden for København. Desuden har museet en spændende særudstilling med fanødragter.

Fanø Museum i Nordby er et kulturhistorisk museum. Den ca. 300 år gamle bygning rummer en meget alsidig samling møbler, værktøj, redskaber m.m., så man får et indtryk af, hvordan folk har klaret sig for ca. 150 200 år siden.

Møllen i Sønderho er opført i 1895. Møllen er nu blevet renoveret og indrettet som den oprindelig så ud da den blev opført. Hvert år i midten af juli afholdes »Sønderhodag« ved møllen, hvor mange stadig bærer de gamle fanødragter.

Hannes Hus er et »skipperhus« og blev bygget i 1750erne. Det gamle miljø er bevaret, så man kunne tro, at skipperen og hans kone lige var rejst hjemmefra. Her er stadig de oprindelige møbler, bilæggeren, billeder, båsen til fårene og de ting skipperen kom hjem med fra sine rejser.

Sønderho gamle redningsstation. Redningsbåden var livsvigtig for et vesterhavssamfund. Den står i redningsstationen fra 1889. Båden var hestetrukken. Der er plancher med skildringer af de farlige redningsaktioner ved Sønderho og om det danske redningsvæsens historie.

Fanø Flisesamling i Sønderho er en udstilling om flisernes historie, som blev hjembragt fra Holland i perioden 1650-1900, er skabt af kunstmaler Jørgen Hahn i Sønderho's gamle Andelsmejeri - som nu er indrettet til Café Nanas Stue.

Sprøjtehuset i Sønderho (et af Danmarks ældste) var af stor betydning for byens bevarelse. Sprøjtevognen stammer fra slottet Schackenborg og er bygget i 1895.

Everten Rebecca er ikke et egentligt museum, men en komplet renoveret evert, som var den dominerende bådtype i vadehavet i fra omkring 1200 tallet frem til 1800 tallet.

Museerne tilbyder fælles entrebillet til DKK 75,00 pr. voksen, som købes på museerne